O Departamento de Administração tem como finalidade gerir processos administrativos e os contratos de compras internas. Ademais, o Departamento tem como função realizar a gestão de pessoal da Secretaria.

O Departamento Financeiro e de Planejamento tem como finalidade gerenciar o Fundo Municipal da Saúde e coordenar planos que objetivam o cumprimento das diretrizes da Secretaria, como a organização de dados relativos à saúde e ao bem-estar da população no município.

O Departamento de Atenção Primária tem como finalidade a coordenação das Unidades Básicas de Saúde (UBs), por isso uma de suas funções principais é o armazenamento e a distribuição de insumos e medicamentos destinados à saúde da população.

O Departamento de Atenção Especializada tem como finalidade coordenar as unidades que prestam assistência de atenção especializada, como problemas de saúde mental, por exemplo.

O Departamento de Atenção Hospitalar, Urgência, Emergência e SAMU tem como finalidade organizar os serviços de saúde emergenciais, por isso esse departamento tem importante papel no gerenciamento das estruturas hospitalares do município.

O Departamento de Vigilância em Saúde e Zoonoses e Saúde do Trabalhador tem como finalidade o controle epidemiológico no município, dentre suas principais atividades estão as de neutralização de zoonoses e de vigilância sanitária.